Въпреки множеството емпирични доказателства, че хомеопатията действа, все още не е ясен точния механизъм на действие. Скептиците не вярват, че толкова разредени вещества могат да оказват лечебно действие.
Възприема се, че в процеса на разреждане и динамизация на хомеопатичните лекарства, молекулите на веществото оставят своя “енергиен отпечатък” върху молекулите на разтворителя, които стимулират впоследствие оздравителен отговор у организма.
Водата като разтворител проявява своебразна “памет” в много големите разреждания на хомеопатичните лекарства.